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隨著ELISA一步法的應用，一些標本中抗原含量過高，產生HooK效應。影響檢測結果，采用同步稀釋測定或使用線性范圍高的兩對半定量法可以減HooK反應的發生。
有人認為大約 40%的人血清標本中含有非特異性干擾物質，可以不同程度影響檢測結果;常見的干擾物質有：類風濕因子、補體、嗜異性抗體、嗜靶抗原自身抗體、醫源性誘導的抗鼠Ig (s)抗體、交叉反應物質和其它物質等。如RF因子可與標記二抗的FC段法結合造成假陽性，補體從C1q活化，使一抗和酶標二抗的抗體分子發生變構，Fc的C1q分子結合點暴露出來，則補體C1q可將二者連接起來造成假陽性，采用56℃30分鐘滅活補體可降低假陽性率，高濃度的AFP(如孕婦)，在儲存過程中可能形成二聚體會導致本底過深影響檢測結果。