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微生物具有容易變異的特性，因而，在保藏過程中，有必要使微生物的代謝處于zui不活潑或相對停止的狀況，才能在必定的時刻內使其不發生變異而又堅持日子才能。低溫、枯燥和阻隔空氣是使微生物代謝才能下降的重要要素，所以，菌種保藏辦法雖多，但都是根據這三個要素而設計的。
保藏辦法大致可分為以下幾種：
1．寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培育基上成長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們有必要在日子的動物、昆蟲、雞胚內感染并傳代，此法適當于一般微生物的傳代培育保藏法。病毒等微生物亦可用其他辦法如液氮保藏法與冷凍枯燥保藏法進行保藏。
2．冷凍保藏法
可分低溫冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速凍住（約-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
3．冷凍枯燥保藏法
先使微生物在極低溫度（-70℃左右）下快速冷凍，然后在減壓下運用提高現象除掉水分（真空枯燥）。
有些辦法如濾紙保藏法、液氮保藏法和冷凍枯燥保藏法等均需運用保護劑來制備細胞懸液，以防止因冷凍或水分不斷提高對細胞的損害。保護性溶質可通過氫和離子鍵對水和細胞所發生的親和力來安穩細胞成分的構型。保護劑有牛乳、血清、糖類、甘油、二甲亞砜等。
4．傳代培育保藏法
又有斜面培育、穿刺培育、皰肉培育基培育等（后者作保藏厭氧細菌用），培育后于4—6℃冰箱內保存。
5．液體白臘掩蓋保藏法
是傳代培育的變相辦法，可以恰當延長保藏時刻，它是在斜面培育物和穿刺培育物上面掩蓋滅菌的液體白臘，一方面可防止因培育基水分蒸騰而引起菌種逝世，另一方面可阻撓氧氣進入，以減弱代謝作用。
6．載體保藏法
是將微生物吸附在恰當的載體，如土壤、沙子、硅膠、濾紙上，然后進行枯燥的保藏法，例如沙土保藏法和濾紙保藏法使用適當廣泛。